prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2012

• Chemical Shifts in Nucleic Acids Studied by Density Functional Theory Calculations and Comparison with Experiment

  FONVILLE Judith M SWART Marcel VOKACOVA Zuzana SYCHROVSKY Vladimir ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří HILBERS Cornelis W BICKELHAUPT F Matthias WIJMENGA Sybren S

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry - A European Journal, rok: 2012, ročník: 18, vydání: 39, DOI

• Is formamide nature’s choice to create life? Comment on the paper “Formamide and the origin of life” by Raffaele Saladino et al.

  ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  PHYSICS OF LIFE REVIEWS, rok: 2012, ročník: 9, vydání: 1, DOI

• Molecular dynamics simulations of G-DNA and perspectives on the simulation of nucleic acid structures

  ŠPONER Jiří CANG Xiaohui CHEATHAM Thomas E

  Článek v odborném periodiku

  Methods, rok: 2012, ročník: 57, vydání: 1, DOI

• Molecular Dynamics Simulations of RNA Molecules

  ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel RÉBLOVÁ Kamila WALTER Nils

  Kapitola v knize

  Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations, vydání: 1. vydání, rok: 2012, počet stran: 27 s.

• Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study

  BANÁŠ Pavel SKLENOVSKY Petr WEDEKIND Joseph E ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 42, DOI

• On the Road from Formamide Ices to Nucleobases: IR-Spectroscopic Observation of a Direct Reaction between Cyano Radicals and Formamide in a High-Energy Impact Event

  FERUS Martin CIVIS Svatopluk MLÁDEK Arnošt ŠPONER Jiří JUHA Libor ŠPONEROVÁ Judit

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2012, ročník: 134, vydání: 51, DOI

• Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different chi Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA

  KREPL Miroslav ZGARBOVA Marie STADLBAUER Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav CHEATHAM Thomas E. JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Simulations of A-RNA Duplexes. The Effect of Sequence, Solute Force Field, Water Model, and Salt Concentration

  BEŠŠEOVÁ Ivana BANÁŠ Pavel KUEHROVA Petra KOSINOVA Pavlina OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 33, DOI

• Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří LANKAŠ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: 13, DOI

• The DNA and RNA sugar–phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies

  ŠPONER Jiří MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit SVOZIL Daniel ZGARBOVÁ Marie BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 44, DOI